Tänasel Eesti Jalgpalli Liidu (EJL) korralisel üldkogul valiti alaliidule president, kaks asepresidenti ja 10 juhatuse liiget, kelle volitused kestavad neli aastat. Üldkogul oli esindatud rekordilised 95 EJL-i liiget. Lisaks juhatuse valimistele oli üldkogu päevakorras 2016. aasta majandusaasta aruande kinnitamine, ülevaade eelmise nelja aasta tegemistest ja järgmise nelja aasta peamistest eesmärkidest.

Presidendi kandidaadina oli ülesse seatud senine EJL juht Aivar Pohlak. Enamuse häältega valiti ta ka järgmiseks neljaks aastaks alaliitu juhtima. Asepresidentidena jätkavad samuti Andri Hõbemägi ja Ainar Leppänen.
Uute liikmetena valiti juhatusse Eesti läbi aegade parim naisjalgpallur Anastassia Morkovkina, endine Premium liiga tasemel väravavaht, praegu vandeadvokaadina töötav ja Esiliigas palliv Daniil Savitski ning suure hulga Eesti jalgpallistaadionite rajamise juures olnud ehitusekspert ja endine harrastusjalgpallur Teet Ilves.
Senistest juhatuse liikmetest ei jätka Arvu Sild, Peeter Küttis ja Josep Katsev, kes olid alaliidu juhtimisega seotud alates selle tegevuse taastamisest 1988. aastal.

Vastavalt EJLi põhikirjale on 12 juhatuse liikmel kindel vastutusala.

Eesti Jalgpalli Liidu juhatus (sulgudes vastutusala):

Aivar Pohlak – president (üldine juhtimine, esindamine, rahvusvahelised suhted)
Andri Hõbemägi – esimene asepresident (finants-majandus)
Ainar Leppänen – teine asepresident (juriidilised küsimused)
Tarmo Lehiste – juhatuse liige (A-koondis)
Teet Ilves – juhatuse liige (infrastruktuur)
Vaapo Vaher – juhatuse liige (meedia ja avalikud suhted)
Priit Penu – juhatuse liige (regionaalne areng, harrastus- ja naistejalgpall)
Marek Lemsalu – juhatuse liige (kommerts)
Eduard Rõžov – juhatuse liige (kohtunikud ja mänguinspektorid)
Mart Poom – juhatuse liige (noorte jalgpall)
Daniil Savitski – juhatuse liige (ranna- ja saalijalgpall)
Are Altraja – juhatuse liige (tippjalgpall)
Anastassia Morkovkina – juhatuse liige

Juhatuse volitused kestavad aastani 2021.