Meeskond on Eesti karikavõistlustel osalenud alates hooajast 1995/96.
Debüütkohtumine oli Mikitamäe staadionil kohaliku JK Micago vastu ja mäng võideti tulemusega 3:1. Lootose väravad lõid Bruno Rammo, Indrek Käo ja Kaido Kukli.
![](https://fclootos.ee/wp-content/uploads/2016/06/M_KV_Leisi-1024x844.jpg)
Pildil FC Lootos 5.juuni 2014 Saaremaal.
1/64 mäng Leisi SK vastu võideti tulemusega 5:2.