Põlva Jalgpalliklubi “Lootos” asutati 27. oktoobril 1994, kui grupp jalgpallihuvilisi noori mehi leidis, et Põlvas puudub arvestatav jalgpallivõistkond ja jalgpall kui spordiala on maakonnas ning linnas üldse esindamata.
Klubi nimevalikul sai otsustavaks nime omapära ja sümbol, mis viitab viljakusele, antud juhul siis jalgpalliarengule ja kandepinna laienemisele Põlvas. Klubi värvid on algusest alates olnud must ja kollane. Valikul oli oluline roll Saksa jalgpalliklubil Dortmundi Borussial, mille värvikombinatsioon otsustati võtta klubi esindusvõistkonna – FC Lootos – võistlusvormi aluseks.
1995. aastal otsustati alustada tööd noortega ja pandi alus Lootos CUP nime kandvale saalijalgpalliturniirile, mis esialgsest “saame kokku- mängime” turniirist on käesolevaks hetkeks välja kasvanud suurimaks saalijalgpalliturniiriks Lõuna-Eestis.
1996. ja 1997. aastal pendeldas klubi III ja IV liiga vahet, vahetusid paljud mängijad. Klubil puudus selge ettekujutus tulevikust. 1997. aastal vahetus klubil president. Senise presidendi Bruno Rammo vahetas kohal välja Indrek Käo.
Alates 1998. aastast käivitati tegelik töö noortega, mille eestvedajaks sai noortetreener Sulev Kallavus. Loodi treeninggrupid vanuseklassidele 1985, 1987 ja 1989. FC Lootos saavutas IV liiga lõunatsoonis teise koht, mis tagas pääsu III liigasse kuhu püsima jääda siiski ei õnnestunud.
1999. alustati taas IV liigas, mis hooaja lõpuks õnnestus samuti teise kohaga lõpetada. Klubi eestvedamisel hakati korraldama rahvusvahelist noorteturniiri – Lootosspring. Klubi sai viie aastaseks, mille puhul anti välja klubi tutvustav 32 leheküljeline värvitrükis brošüür pealkirjaga “Läbi viie aasta…”.
2000. aastal võideti klubi ajaloo esimese maakondlik meistritiitel. Avati uus treeninggrupp noortele sündinud 1991 ja nooremad – nimeks FCL Leegion.
2001. aastal avati klubi ametlik kodulehekülg. Korraldati ja viidi läbi rahvusvaheline U-19 Balti turniir naiskondadele, mille kõrgel tasemel läbiviimist hindas ka ajakiri “Sporditäht“, valides selle aasta turniiriks. Väga kõrgel tasemel viidi Põlvas läbi Peipsi CUP vanuseklassile 1989 ja nooremad. Teist aastat järjest võideti Põlva Maakonna meistritiitel. Loodi tüdrukute võistkond FCL Allegro ning septembris treeningutega alustanud 1994 ja hiljem sündinud poisterühm FCL Santos.
Aasta 2002 oli väga edukas ja tõi klubile esimese medali Eesti meistrivõistlustelt. Ajaloolise saavutusega said hakkama FCL Allegro 1986-88 sündinud tüdrukud, kes treenerite Indrek Käo ja Margus Nemvaltsi juhendamisel saavutasid tüdrukute B klassis kolmanda koha. Saalijalgpalliturniiril Lootos CUP osales rekordiline arv võistkondi. Seitsmes vanuseklassis võistles 52 võistkonda 18 erinevast klubist üle Eesti. Osavõtjate arv ületas esmakordselt 500 jalgpalluri piiri. Peale Jaanipäeva toimus viies Rahvusvaheline Lootosspringi miniturniir, kus seekord osales viies vanusegrupis 18 võistkonda. Külalisvõistkonnad olid Lätist – Suntazist. Juulis toimusid järjekordsed maakonna meistrivõistlused, millel Lootos kinnitas taas oma ülemvõimu, tulles juba kolmandat aastat järjest Põlva maakonna meistriks. Sügis tõi kaasa muudatused klubi juhtkonnas. Juhatuse koosseisuks kinnitas klubi üldkoosolek kuus liiget. Presidendina jätkas Indrek Käo.
2003. aastal korraldas klubi koostöös Eesti Jalgpalli Liiduga Põlvas Treener III kursused. Koostöös Newcastle ja Põlva linnavalitsuse, NFDS (Newcastle Football Development Scheme) ja E-Stuudio tütarlaste kooriga käivitati rahvusvaheline noorteprojekt Singing & Soccer. FC Lootos tuli Põlva maakonna meistriks. Noortevõistkonnad osalesid edukalt Taanis, noorteturniiril Vildbjerg CUP. Eesti MV saavutati IV liiga lõunatsoonis 7.koht. Algasid Lootospark staadioni ehitustööd. Avati treeninggrupp Värskas. Klubi noortevõistkonnad külastasid Inglismaad ja osalesid Newcastle linnas korraldatud jalgpalliturniiril.
