2004. aastal said klubi noortetreenerid Treener III tunnistused. FC Lootos peatreeneriks nimetati Avo Jakovits. Osaleti Liivimaa liigas, milles saavutati 8.koht. Alustati Lootose Fännireiside korraldamist rahvuskoondise mängudele. Noortevõistkondadega osaleti Taanis, Kattegat CUP-il. Eesti MV saavutati IV liiga lõunatsoonis 8. koht. FCL Allegro võitis eesti meistrivõistlustelt pronksmedalid. 7.novembril avati ametlikult kunstmurukattega jalgpallistaadion Lootospark.

2005. aastal nimetati Põlva linna poolt Aasta Teoks Lootospark staadioni ehitus. Klubi kaasabil korraldati Lootospargis X Maatalimängude jalgpalliturniir. FC Lootos tuli Põlva maakonna meistriks. Eesti MV saavutati IV liiga lõunatsoonis 4. koht. Lootospargis viidi läbi JK Merkuuri ja JK Merkuur-juuniori kevadringi kodumänge. Lootosspring toimus UEFA Summer Of Grassroots egiidi all. Koostöös Newcastle Football Development Scheme noortetreeneritega korraldati ja viidi läbi noorte jalgpallilaager Soccer Aid 2005. Klubi presidendiks valiti Aimar Tusov.

Aastal 2006 tuli klubile esimene meistritiitel, mille võitsid B klassi tüdrukud – FCL Allegro. EOK treeneri kutsetunnistused anti Kaido-Meinhard Kuklile, Avo Jakovitsile, Margus Nemvaltsile ja Indrek Käole. FCL Allegrost osales noortekoondises Balti turniiril 7 tüdrukut ja U-19 EM kvalifikatsiooniturniiril kaks tüdrukut. Eesti MV saavutati IV liiga lõunatsoonis 2. koht ja tõusti viie aastase vahe järel taas kolmandasse liigasse. Klubi sai uue logo.

2007. aastat jääb meenutama klubi teine meistritiitel, mille võitsid taas A/B klassis osalenud allegro neiud. Eesti noortekoondistesse kuulus seejuures üle poole allegrode võistkonnast. Esmakordselt saavutati kõrge tunnustus ka kodumaakonnas, kui võideti Aasta Noortevõistkonna kategoorias esimene koht. Klubi sünnipäeval avati pidulikult Lootospark staadionihoone riietus- ja pesemisruumid, mille tööde kogumaksumuseks kujunes üle 1,8 miljoni krooni.

Hooaeg 2008 tõi klubile kogu senise ajaloo suurima auhinnasaju. Eesti Meistritiitlid saavutati tüdrukute A, B ja C vanuseklassides. Esmakordselt naiste meistrivõistlustel osalenud FC Lootos naiskond krooniti Esiliiga võitjaks ning võistkonna mängija Signy Aarna oli Esiliiga suurim väravakütt 48 väravaga. Suurima väravalööja tiitli teenis ka Alar Alve, kes III liiga lõunatsooni suurima snaiperina lõi 37 väravat, aidates FC Lootos meeskonnal saavutada kolmanda koha. Noortest tulid oma liigade resultatiivsemate mängijate auhindadele Signy Aarna (tüdrukute A) – 32 väravat, Sixtina Ladva (tüdrukute C klass) – 26 väravat ja Tarvin Kaldvee (poiste B 1 II liiga) – 34 väravat. Klubilistest tegemistest olulisemaks oli staadionihoone I järgu ehitustööde lõpetamine, mille tulemusena renoveeriti ca 1 miljoni krooni eest staadionihoone katus ja välisfassaad.

2009 aasta oli teetähiseks klubi uuele tasandile jõudmisest. Riigi kõrgeimas sarjas – Meistriliigas alustas mänge klubi naiskond. Loogilise jätkuna said kutse noortekoondistesse 14 allegrot ! Põlva maakonna Aasta Tegija tiitel anti treener Kaido Kuklile. Lootospargis toimus Eesti koondise võiduga lõppenud naiste Balti turniir. 27.oktoober 2010 panid klubi president Indrek Käo, Põlva maavanem Priit Sibul ja AS RIS Ehitus juhataja Madis Tšäko nurgakivi klubihoone vundamendile ja algasid klubihoone ehitustööd. Klubi tähistas 15.sünnipäeva

2010 aasta suursündmuseks oli Lootospargis toimunud U17 neidude Balti turniir, mis lõppes Eesti koondise võiduga. Oma panuse võidu vormistamisele andsid ka neli koondise koosseisu kuulunud allegrot. Klubi naiskonda tugevdasid kolm lätlannast välismängijat. Klubi meeskond tuli maakonna meistriks. Klubi peasponsoriks sai järgmiseks viieks aastaks maakonna ettevõtluse lipulaevaks olev AS Värska Vesi.

2011 tõi klubile esikohakarika Eesti meistrivõistlustelt. Naiste II liiga võitjaks tuli duubelnaiskond. 15.korda toimus Eesti vanim saalijalgpalli turniir Lootos CUP. Klubi avas aprillis pidulikult uue klubihoone, mis koos väljaku altküttesüsteemi ja pealtvaatajate tribüünidega läks maksma üle 10.miljoni krooni, millest ligi seitse saadi Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuselt. Klubi valis uue juhatuse, kuhu kuuluvad Tiit Kaasik, Kaido Kukli, Ivo Mustimets ja Indrek talgre. Klubi presidendina jätkab Indrek Käo. Aasta naismängijaks valisid eesti spordiajakirjanikud ja EJL Signy Aarna.

2012 osales klubi EJL võistlustel ühtekokku kahe meeskonna, kahe naiskonna ja kümne noortevõistkonnaga. Esmakordselt toimunud naiste Rahvaliiga turniiri võitjaks tuli FC Lootos naiskond. Alates septembrist alustas klubi, Põlva Ühisgümnaasiumi, Põlva linna ja Eesti Jalgpalli Liidu koostöö tulemusena tegevust jalgpalliklass.

2013 hooaega jääb meenutama veebruaris esmakordselt mängitud Põlva CUP saalijalgpalliturniirid meeskondadele ja naiskondadele augustis 15.korda toimunud rahvusvaheline noorte jalgpalliturniir Lootosspring ning septembris toimunud rannajalgpalliturniir Põlva Järv 2013. Jaanipäeval alistati Maakondade maavõistlusmängus tulemusega 4:1 Võrumaa. Klubi esimese naismängijana siirdus Soome kõrgliigasse, Kuopio Pallokissat naiskonda mängima Signy Aarna.