Meeskond on Eesti karikavõistlustel osalenud alates hooajast 1995/96.

Debüütkohtumine oli Mikitamäe staadionil kohaliku JK Micago vastu ja mäng võideti tulemusega 3:1. Lootose väravad lõid Bruno Rammo, Indrek Käo ja Kaido Kukli.

kv_vs_leisi

Pildil FC Lootos 5.juuni 2014 Saaremaal.

1/64 mäng Leisi SK vastu võideti tulemusega 5:2.